2003'te Bilkent Üniversitesi uluslararası ilişkiler bölümünden mezun oldu. 2006'da aynı üniversitede yüksek lisansını tamamladı. Georgetown Üniversitesi'nde yaptığı doktora sonrası 2012'de doktor unvanını aldı. 2018'de kendisine TÜBA tarafından Üstün Başarılı Genç Bilim Adamı Ödülü verildi. 2021'de profesör oldu.Gürkan'ın bugüne kadar başta Akdeniz tarihi üzerine olmak üzere çeşitli Yeni Çağ dönemi Osmanlı ve Avrupa tarihi alanında eserleri yayımlanmıştır.
1981 yılında Değirmendere'de doğdu. 2003'te Bilkent Üniversitesi uluslararası ilişkiler bölümünden mezun oldu. 2006'da aynı üniversitede Halil İnalcık'ın danışmanlığında yazdığı Ottoman Corsairs in the Western Mediterranean and Their Place in the Ottoman-Habsburg Rivalry, 1505-1535 adlı tez ile yüksek lisans diplomasını aldı. Ardından Georgetown Üniversitesi'nde Gábor Ágoston ile yazdığı Espionage in the 16th Century Mediterranean: Secret Diplomacy, Mediterranean Go-Betweens and the Ottoman-Habsburg Rivalry başlıklı tez ile de 2012'de doktor unvanını, 2021'de de profesör unvanını aldı.
2017'de çıkan ilk kitabı Sultanın Casusları: 16. Yüzyılda İstihbarat, Sabotaj ve Rüşvet Ağları 2018'de TÜBA tarafından Bilimsel Telif Eser Ödülü'ne layık görüldü.2018'de 14. Kadir Has Ödülleri'nde Gelecek Vadeden Bilim İnsanı Ödülü ile TÜBA'ca verilen Üstün Başarılı Genç Bilim Adamı Ödülü'nü kazandı.